Die Wurzeln des Magdeburger FFC liegen bei der SG Handwerk Magdeburg, bis sich 1991 die komplette Frauenfußballabteilung dem SV Fortuna Magdeburg anschloss.
1997 wurde mit dem FSV Fortuna Magdeburg/Wolmirstedt ein eigener Verein gegründet. Um die Selbständigkeit auch im Vereinsnamen Ausdruck zu bringen, änderte der Club am
1. Juli 2003 seinen Vereinsnamen in Magdeburger FFC.
2004 verpasste der MFFC nur knapp die Qualifikation zur neu eingeführten 2. Bundesliga.
Im DFB-Pokal erreichte man durch einen 3:0-Sieg bei Alemannia Altdöbern erstmals das Achtelfinale.
